Erst mit der Einführung einer neuen Steuer, erhoben an den Stadttoren, erlangten die Mauern und Tore wieder kurzzeitig Bedeutung. Durch den wachsenden Verkehr erwiesen sich die Stadttore als hinderlich und wurden daraufhin im 18. Jahrhundert und Anfang des 19. Jahrhunderts abgerissen. Hiervon betroffen waren auch große Teile der Stadtmauer. Die entstandenen Lücken wurden teilweise mit Gebäuden geschlossen.
In der Alt- und in der Neustadt sind nur Teile der Stadtmauer und Reste der Befestigungsgräben erhalten geblieben. Bemerkenswert sind die Fragmente östlich des Rathenower Torturmes, am Humboldthain, an der Wassertor- und Grabenstraße, der St.-Annen-Promenade sowie kleine Reste in der Lindenstraße und im Deutschen Dorf.