Im Jahre 1901 begann die erste umfangreiche Rekonstruktion der Kirche seit dem 15. Jahrhundert. Die Grabkammern wurden beseitigt und die romanischen Rundbogenfenster wiederhergestellt.
Als Gebets- und Gedenkstätte für die Opfer ungerechter Gewalt dient die St. Nikolaikirche nunmehr der regelmäßigen Feier des Gottesdienstes, der ökumenischen Begegnung insbesondere beim Friedensgebet sowie verschiedenen anderen kirchlichen Zwecken.