Im Inneren des Kirchenschiffs säumen schlichte, zweigeschossige Holzemporen den Saal. Die Emporen werden von acht Säulen getragen, die aus ganzen Baumstämmen gefertigt wurden. Auf der Empore über dem Eingang befindet sich ein klassizistisch gestalteter Orgelprospekt, der 1852 von Carl Ludwig Gesell geschaffen wurde. Die heutige Orgel mit einem Werk mit 22 Registern wurde 1913 von der Potsdamer Firma Alexander Schuke eingebaut und 1953, ebenso von der Firma Schuke, umgebaut.
Die Gottesdienste wurden bis ins Jahr 1809 für die böhmischen Weber auch auf Tschechisch gehalten. In den Wendejahren traf sich die Oppositionsbewegung der DDR unter dem Dach der Friedrichskirche. Hier gründete sich auch das Neue Forum in Potsdam.
2016 erfolgte eine Erneuerung der farblichen Ausgestaltung des Innenraums entsprechend den Farbbefunden von 1852.